Kelembagaan Sistem Penjaminan Mutu Internal di IKPIA Perbanas, ditetapkan dengan SK Rektor No 262/SK.P/X/IKPIA/2010 tertanggal 1 Oktober 2010, dimana keberadaan Direktorat Penjaminan Mutu dan Audit Internal dalam struktur organisasi IKPIA Perbanas berada langsung di bawah Rektor.

Untuk struktur organisasi Direktorat PMAI dapat dilihat berikut ini :

Walaupun secara  struktural  SPMI  IKPIA Perbanas  dimotori  oleh  Direktorat Penjaminan Mutu dan Audit Internal,  tetapi kegiatan penjaminan mutu internal merupakan bagian dari tanggungjawab Pimpinan, Dosen, serta Tenaga Kependidikan. Artinya setiap anggota organisasi di IKPIA Perbanas harus peduli dan sadar mutu.